所谓特种工作人员主要是指从事特种工作的人员，这类人员可以享受国家提供的特殊福利待遇，所以，如果特种工作人员在办理退休的时候，无法提供有效的档案，就无法享受这些待遇，具体补办流程如下。

1、联系相关部门，确定档案中的材料，并列出材料清单，按照档案中缺失的材料进行搜集，只有向单位或者相关部门提出补办申请，说明自己的情况，并且提交准备的材料，例如申请补办书、个人身份证明、单位合同复印件等，以便单位查验。

2、单位对申请人提交的材料进行审核，如果发现材料缺失，需要继续补办，特殊工作人员档案除了具有一般人具有的材料之外，还具有保障健康津贴、体检报告以及特殊工种证明等材料，这些都是缺一不可的。

3、如果因为非个人原因造成审批不通过，我们可以利用法律武器保护自己的权益，通过劳动仲裁来保护自己的正当权益。

综上，特种工作人员档案丢失的流程会略显繁琐，但是只要材料完整、流程准确，也是非常简单的。